O EMGFA é dotado de autonomia administrativa.
O EMGFA tem por missão planear, dirigir e controlar a execução da estratégia da defesa militar, superiormente aprovada, bem como o emprego das Forças Armadas no cumprimento das seguintes missões e tarefas operacionais que a estas incumbem, de acordo com a Constituição e a lei:
- Desempenhar todas as missões militares necessárias para garantir a soberania, a independência nacional e a integridade territorial do Estado;
- Participar nas missões militares internacionais necessárias para assegurar os compromissos internacionais do Estado no âmbito militar, incluindo missões humanitárias e de paz assumidas pelas organizações internacionais de que Portugal faça parte;
- Executar missões no exterior do território nacional, num quadro autónomo ou multinacional, destinadas a garantir a salvaguarda da vida e dos interesses dos Portugueses;
- Executar as ações de cooperação técnico-militar, no quadro das políticas nacionais de cooperação;
- Cooperar com as forças e serviços de segurança tendo em vista o cumprimento conjugado das respetivas missões no combate a agressões ou ameaças transnacionais;
- Colaborar em missões de proteção civil e em tarefas relacionadas com a satisfação das necessidades básicas e a melhoria da qualidade de vida das populações;
- Desempenhar as missões decorrentes do estado de sítio ou de emergência no âmbito das Forças Armadas;
- Coordenar com o MDN a colaboração nas atividades de política externa de defesa no âmbito do controlo internacional de armamentos e das medidas para consolidação da confiança e da segurança na Europa, na vertente militar.
O EMGFA tem ainda como missão planear, dirigir e controlar o ensino superior militar, a saúde militar, as informações e segurança militares, a ciberdefesa, os aspetos militares do programa espacial da defesa nacional e a inovação e transformação nas Forças Armadas.